По общему правилу, налоговые агенты — российские организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленный и удержанный налог в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.

Сумма налога к уплате по месту нахождения подразделения определяется исходя из налогооблагаемого дохода работников подразделения, а также исходя из сумм доходов, выплачиваемых по договорам ГПХ, которые подразделение заключало от имени организации.

Согласно рассматриваемой ситуации, основной договор аренды недвижимости с арендодателем — физлицом первоначально подписан уполномоченным лицом первого обособленного подразделения, а допсоглашение, изменяющее условия договора аренды, подписано уполномоченным лицом второго подразделения. По мнению ведомства, в таком случае налог с указанных доходов следует уплатить по месту нахождения второго обособленного подразделения.

Письмо Минфина РФ № 03-04-06/21479 от 07.04.2017