В соответствии с п. 4 ст. 170 НК РФ налогоплательщик, осуществляющий облагаемые и не облагаемые НДС операции, обязан вести раздельный учёт входного НДС. Но если расходы на необлагаемую деятельность за квартал не превышают 5 процентов общей величины совокупных расходов, то он вправе не применять положения настоящего пункта и все суммы входного НДС могут быть им приняты к вычету. Минфин России разъяснил, что положения п. 3 ст. 170 НК РФ о восстановлении НДС, в случаях начала использования товаров (работ, услуг) в необлагаемых операциях, должны применяться независимо от размера доли расходов на их осуществление. То есть если товары (работы, услуги) начинают использоваться в необлагаемых операциях, то «правило 5%» не применяется, и налогоплательщик обязан восстановить по ним НДС.

Письмо Минфина России № 03-07-11/20205 от 05.04.2017